As inundações na bacia do rio Caí estão, sem dúvida, entre os aspectos mais críticos no que concerne aos recursos hídricos desta bacia. O trecho baixo do rio Caí, da cidade de São Sebastião do Caí até a foz, que apresenta um relevo plano e de cotas baixas, é marcado pela ocorrência de inundações nas áreas urbanas de alguns municípios, especialmente Montenegro e São Sebastião do Caí. Não sem razão, as cheias na bacia são uma das principais preocupações do comitê de gerenciamento da bacia hidrográfica do rio Caí.

No dia 04 de fevereiro de 2010 iniciou a instalação das estações automáticas na Bacia do rio Caí (RS). A rede de monitoramento é constituída de 8 pontos, com estações telemétricas que transmitem em tempo real dados de chuva e níveis dos rios, associada a um sistema de recepção de dados e previsão de níveis. O Sistema de Alerta prevê, com antecipação de 10 horas, o nível que o rio Caí atingirá nas cidades gaúchas de São Sebastião do Caí e Montenegro.

A partir do monitoramento e da previsão hidrológica. As informações são divulgadas através do site da CPRM e os boletins de previsão são encaminhados para o Cemaden, ANA, Cenad, Defesa civil municipal e estadual, para que sejam tomadas as medidas necessárias para a redução dos prejuízos pessoais e materiais causados pelas inundações.